De functionering van de FOD Financiën is beschreven in werkprocessen. Momenteel herbekijkt de FOD al die processen op basis van de Lean-methodologie.

Deze methodologie, geïnspireerd op het productiesysteem van Toyota, is gericht op het verbeteren van de werkprocessen van een organisatie door aandacht te besteden aan de waardecreatie voor de gebruikers en aan het zo veel mogelijk verminderen van verspillingen.

In 2014 nam de FOD Financiën voor het tweede opeenvolgende jaar deel aan de Lean Academy, georganiseerd door het Opleidingingsinstituut van de Federale Overheid en opgestart door de FOD Mobiliteit en Vervoer.  Het doel is om federale ambtenaren op te leiden in de rol van interne leanconsultant binnen hun eigen organisatie.

Het opleidingstraject is gebaseerd op concrete verbetervoorstellen.  Naar aanleiding van de oproep aan de kandidaten werden vier projecten uitgekozen: twee hebben te maken met processen over begroting en beheerscontrole, een over het shiftsysteem bij de douane en een vierde hangt samen met een procedure uit de fiscaliteit.